《机动战士高达水星的魔女》故事设定在人类大量移民至宇宙并建立众多殖民卫星的时代，围绕着少女苏莱塔·墨丘利展开。苏莱塔自幼在水星长大，她和母亲一直过着平静的生活。一次偶然的机会，苏莱塔获得了参加著名学府阿斯提卡西亚高等专门学园入学考试的资格，由此离开水星前往宇宙。 在学园里，苏莱塔结识了米奥莉奈·伦布兰，两人以结婚为条件组成搭档参加学园的决斗。然而，学园背后隐藏着巨大的阴谋，各方势力为了利益明争暗斗。苏莱塔驾驶着神秘的高达 Aerial，凭借出色的驾驶技术在一次次决斗中获胜。但随着故事发展，苏莱塔逐渐发现自己身世以及 Aerial 的秘密，这些秘密与整个宇宙的命运息息相关。她在友情、爱情与真相之间不断挣扎，努力探寻着未来的方向。